Cerita mendatang angsuran ini berlangsung di tengah-tengah tanda-tanda rekonstruksi pascaperang pada musim dingin 2028. Ketegangan meningkat di New Port City sebagai demonstrasi diadakan menyangkut kepentingan kartel asing. Hal ini menyebabkan insiden penembakan yang melibatkan polisi anti huru hara. Semuanya dimulai dengan infeksi cyberbrain dirilis oleh teroris “Api Starter.” Sebuah unit ofensif independen yang dipimpin oleh Makoto Kusanagi mempercayakan penindasan situasi untuk hantu mereka dan bertujuan untuk keadilan mereka sendiri. Di bawah permukaan kejadian, terletak “timah gadis” Emma dan “orang-orangan sawah man” Burinda Junior. Seperti Kusanagi berkaitan dengan insiden itu, dia semakin dekat dengan apa yang kedua hantu sedang mencari.