Kali ini, sebuah gempa dahsyat memukul Los Angeles, mengubahnya menjadi sebuah pulau. Presiden memandang gempa sebagai tanda dari atas, mengusir Los Angeles dari negara dan membuatnya koloni hukuman bagi mereka yang ditemukan bersalah atas kejahatan moral. Ketika putrinya, bagian dari gerakan perlawanan, mencuri unit kontrol untuk senjata kiamat, Snake lagi akan disadap untuk menyimpan hari.